A restinga de Maricá abriga várias espécies da flora ameaçadas de extinção e endêmicas:

1)     Espécies ameaçadas de extinção:

 - Dyckia pseudococcinea L.B. Sm. (Bromeliaceae) - Categoria: Criticamente em perigo.

- Neoregelia compacta (Mez) L.B.Sm. (Bromeliaceae) - Categoria: Em perigo

2)     Espécie endêmica na restinga de Maricá:

 - Dyckia pseudococcinea L.B. Sm. (Bromeliaceae).

- Eugenia maricaensis G.M. Barroso (Myrtaceae).

3)     Espécies que não são endêmicas, mas que nas restingas fluminenses só foram registradas, até o momento, para a restinga de Maricá:

4)     Espécies da Fauna da restinga de Maricá presentes no livro vermelho de espécies ameaçadas de extinção do ICMbio – do Ministério do meio Ambiente e endêmicas, ou seja, espécies que ocorrem numa determinada área do mundo e restritas à APA de Maricá:

 Endêmicas unicamente na restinga de Maricá:

- o rato-de-espinho (Trinomys eliasi). Endêmico na vegetação dos tipos arbóreo e arbustivo, porém a sua existência depende também da preservação da vegetação do entorno com a presença dos tipos herbáceo e reptante. A sua condição de mamífero requer um habitat preservado integralmente bastante amplo, pois a sua posição na cadeia alimentar depende da presença de um grande número de espécies animais e vegetais que formam a sua base da cadeia alimentar. Categoria de ameaça: Criticamente em perigo.

- o peixe das nuvens (Leptolebias citrinipinnis Costa) endêmico nos brejos inter-cordões da restinga de Maricá – A urbanização das áreas adjacentes a esses brejos coloca em risco a existência desses animais únicos no mundo, visto que este ambiente depende da qualidade das águas, do tipo de sedimentos que ali chegam e da preservação do seu entorno, o que impede a ocupação urbana nas proximidades das áreas que em subsista essa espécie. Categoria de ameaça: Criticamente em perigo.

Endêmicas nas restingas fluminenses, inclusive na APA de Maricá:

- o único sapo-que-come-frutos e os dispersa, a perereca frutívora das bromélias (Xinohyla truncata).

- o lagarto–de-cauda–verde (Cnemidophorus litorallis) - Categoria de ameaça: Vulnerável.

- a lagartixa-de-areia (Liolaemus lutzae) ameaçada porque só vivem na beira da praia, nas restingas, entre a Marambaia e Cabo Frio - Categoria de ameaça: Criticamente em perigo.

- a borboleta da praia (Parides ascanius) - Categoria de ameaça: Em perigo.

- o sabiá-da-praia (Mimus gilvus) - Categoria de ameaça: Criticamente em perigo.

- a saúva-preta (Atta robusta) - Categoria de ameaça: vulnerável.

 Fonte : Lista Nacional das Espécies da Fauna Brasileira Ameaçadas de Extinção – Ministério do Meio Ambiente.

As espécies acima, além de fortemente ameaçadas de extinção, são endêmicas das restingas, sendo a borboleta, a perereca e os lagartos endêmicos das restingas do estado Rio de Janeiro e o peixe-das-nuvens endêmico dos brejos da restinga de Maricá.

Outra grande importância da restinga de Maricá é por ser local de pouso de aves migratórias, como por exemplo:

• Mariquita (Parula pitiayumi),
• Colhereiro (Ajaia ajaja),
• Maçarico (Tringa flavipes),
• Andorinha (Progne chalybea), e
• Martim-pescador pequeno (Chloroceryle amazônica).

Fonte: trabalhos científicos.